中药组方禁忌包括配伍禁忌、妊娠禁忌和服药时的饮食禁忌。
配伍禁忌是指在一般情况下不宜相互配合使用的药物，包括十八反、十九畏等。指的是：甘草与甘遂、大戟、海藻、芫花；乌头与半夏、瓜蒌、贝母、白蔹、白及；藜芦与人参、沙参、党参、丹参、苦参、玄参、细辛、芍药；硫黄与朴硝；水银与砒霜；狼毒与密陀僧；巴豆与牵牛子；丁香与郁金；川乌、草乌与犀角；牙硝与三棱；官桂与赤豆脂；人参与五灵脂。这些药物配伍是应当避免的。
妊娠用药禁忌是指妊娠期间应当避免某些会损害胎儿或导致堕胎的药物。根据药物对胎儿损害程度的不同，分为禁用与慎用两类。禁用的大多是毒性较强或性能峻猛的药物，如水银、砒霜、雄黄、轻粉、马钱子、川乌、草乌、巴豆、芫花、牵牛子、三棱等，此类药物孕妇绝对不能使用；慎用的包括活血祛瘀、破气行滞、攻下通腑、辛热及滑利之品，如牛膝、川芎、桃仁、红花、姜黄、丹皮、枳实、大黄、芒硝、番泻叶、芦荟、附子、肉桂、冬葵子等，此类药物孕妇应尽量避免使用，以免发生事故。
服药饮食禁忌简称“食忌”，俗称“忌口”，指服药期间对某些事物的禁忌。一般忌食油腻、腥膻、不易消化及生冷、辛辣等刺激性食物。具体而言，寒性病忌生冷食物；热性病忌辛热油腻；胸痹者忌肥肉、油腻、动物内脏及烈酒；肝阳上亢者忌胡椒、大蒜、酒等辛热助阳之品；脾热虚弱或消化不良者忌油腻、黏腻、寒冷坚硬等不易消化的食物；疮疡、皮肤病患者忌鱼、虾、蟹等腥膻发物及辛辣刺激性食物；服何首乌者忌葱、大蒜、白萝卜；服薄荷者忌蟹肉；服人参者忌白萝卜等。